Bei der Tonnagesteuer handelt es sich um eine alternative Methode zur Ermittlung der Gewinnsteuer von Hochseeschifffahrtsunternehmen. Bemessungsgrundlage ist nicht der tatsächlich erwirtschaftete Gewinn, sondern die pauschal mit einem gestaffelten Tarif multiplizierte Nettoraumzahl (Frachtvolumen des Seeschiffs). Mit der Besteuerung nach Tonnage statt tatsächlich erwirtschaftetem Gewinn würden rentable Unternehmen im maritimen Bereich weniger Steuern bezahlen als bisher. Anlässlich des Vernehmlassungsverfahrens hat sich die Zürcher Handelskammer (ZHK) sehr positiv zur Einführung der Tonnagesteuer in der Schweiz geäussert und begrüsst diese ausdrücklich.
Bereits heute kennen 23 europäische sowie weitere Staaten wie die USA oder China eine Tonnagesteuer auf Hochseeschiffen, teils seit über 50 Jahren. Die Schweiz hinkt diesen Ländern hinterher und ist deswegen als Standort für Unternehmen im maritimen Sektor relativ unattraktiv. Die Einführung der Tonnagesteuer würde gleich lange Spiesse für alle schaffen und damit für Schweizer Schifffahrtsunternehmen im internationalen Vergleich einen Wettbewerbsnachteil beseitigen.
Die Ermittlung der Gewinnsteuer der Schweizer Seeschifffahrt nach der Tonnage hätte zudem verschiedene positive Auswirkungen auf den Wirtschaftsstandort Schweiz und damit auch auf den Standort Zürich. Aufgrund der attraktiveren Bedingungen könnte der Seeschifffahrtssektor in der Schweiz gemäss Studien um rund 3'600 bis 7'000 neuen Stellen wachsen. Dadurch könnten zusätzliche jährliche Steuereinnahmen von bis zu 400 Millionen Franken generiert werden. Ausserdem würde die Einführung einer solchen Steuer es der Schweiz ermöglichen, Arbeitsplätze im Hochseeschifffahrtssektor zu erhalten und zu stärken.